Welche Probentypen können analysiert werden?
Die Core Facility Massenspektrometrische Proteomanalytik unterstützt die Analyse von SDS-Gelen, 2D-GE-Spots, Zellpellets und Gewebeproben (FFPE-Gewebe und Frischgewebe).
Welche Anforderungen an die Probe(n) gibt es?
SDS-Gele/ 2D-GE-Spots: Es können ausschließlich Coomassie-gefärbte Gele verwendet werden. Bitte schneiden sie Gelbanden in 1mm2 große Stücke und überführen sie diese in ein Eppendorf-Gefäß.
Zellpellets: Zellen können entweder in Lösung oder als Pellet übergeben werden. Bei der Verwendung von Puffersystemen gelten folgende Anforderungen:
- pH < 10
- Keine Verwendung von Polymeren
- Detergenzien nur bis 6 M Urea und 4% SDS.
Fötales Kälber-Serum (FCS) im Zellmedium muss durch mindestens 2 Waschschritte entfernt werden. Hierzu eignet sich PBS-Puffer.
Gewebeproben: Frischgewebe sollte ausschließlich bei -80°C gelagert und auf Trockeneis transportiert werden. Bitte stellen Sie sicher, dass Proben keinen Polymeren zur Gewebsfixierung (z.B. OCT) ausgesetzt werden. Für die Analyse von FFPE-Proben können Stanzen oder Mikrodissektionen genutzt werden. Die Mikrodissektion von Gewebeschnitten wird empfohlen. Gewebeproben sollten in Eppendorf-Gefäße überführt werden.
Wie und wo können Proben abgegeben werden?
Bitte kontaktieren Sie vor Projektstart die Core Facility Massenspektrometrische Proteomanalytik unter ms@uke.de , um einen Beratungstermin zwecks potentieller individueller Anforderungen an Ihre Proben/Ihr Projekt zu erhalten.
SDS-Gele/2D-GE-Spots/FFPE-Gewebeproben können im Briefkasten vor Raum 00.008 (N27) hinterlegt werden.
Zellpellets/Frischgewebe können nach vorheriger Absprache unter ms@uke.de in Raum 00.003.02 (N27) oder im Labor 02.086 (N27) abgegeben werden.
Bitte füllen Sie vor Probenabgabe den Probenbegleitschein aus und legen Sie diesen den Proben bei oder senden Sie es an ms@uke.de.
Wie lange dauert die Analyse und wie viel kostet sie?
In Anlehnung an die aktuellen DFG-Richtlinien kostet die Analyse 25 Euro pro Gerätestunde.
Eine Standard-Messung erfordert 105 Minuten Gerätezeit.
Die Dauer der Analyse hängt von der Probenzahl und der aktuellen Auslastung der Core Facility ab. Bei Probenabgabe erhalten sie eine Einschätzung der Analysedauer per E-Mail.
Welchen Output erhalte ich?
Je nach Fragestellung wird Ihnen ein Report zugesendet:
Protein-Identifikation:
Sie erhalten eine Liste identifizierter Proteine in jeder Probe.
Protein-Quantifizierung
Sie erhalten eine Liste identifizierter Proteine mit Log2-transformierter normalisierter Protein-Abundanz pro Probe. Zudem werden erste statistische Analysen durchgeführt. Diese beinhalten eine Clusteranalyse (PCA, Hierarchisches Clustering), das Entfernen/Dokumentieren technischer Ausreißer sowie ein binärer t-Test-Vergleich zwischen allen vordefinierten Phänotypen. Die Ergebnisse erhalten Sie in Form einer Exceltabelle. Zudem erfolgt die Visualisierung in Form eines Volcano-Plots.
Für weitere statistische und bioinformatische Analysen und Fragestellungen kontaktieren sie bitte ms@uke.de oder stellen Sie eine direkte Anfrage an ha.voss@uke.de .