Welche Probentypen können analysiert werden?
Die Core Facility Massenspektrometrische Proteomanalytik unterstützt die Analyse von SDS-Gelen, 2D-GE-Spots, Zellpellets und Gewebeproben (FFPE-Gewebe und Frischgewebe).
Welche Anforderungen an die Probe(n) gibt es?
SDS-Gele/ 2D-GE-Spots: Es können ausschließlich Coomassie-gefärbte Gele verwendet werden. Bitte schneiden sie Gelbanden in 1mm2 große Stücke und überführen sie diese in ein Eppendorf-Gefäß.
Zellpellets: Zellen können entweder in Lösung oder als Pellet übergeben werden. Bei der Verwendung von Puffersystemen gelten folgende Anforderungen:
- pH < 10
- Keine Verwendung von Polymeren
- Detergenzien nur bis 6 M Urea und 4% SDS.
Fötales Kälber-Serum (FCS) im Zellmedium muss durch mindestens 2 Waschschritte entfernt werden. Hierzu eignet sich PBS-Puffer.
Gewebeproben: Frischgewebe sollte ausschließlich bei -80°C gelagert und auf Trockeneis transportiert werden. Bitte stellen Sie sicher, dass Proben keinen Polymeren zur Gewebsfixierung (z.B. OCT) ausgesetzt werden. Für die Analyse von FFPE-Proben können Stanzen oder Mikrodissektionen genutzt werden. Die Mikrodissektion von Gewebeschnitten wird empfohlen. Gewebeproben sollten in Eppendorf-Gefäße überführt werden.
Wie und wo können Proben abgegeben werden?
Bitte kontaktieren Sie vor Projektstart die Core Facility Massenspektrometrische Proteomanalytik unter ms@uke.de , um einen Beratungstermin zwecks potentieller individueller Anforderungen an Ihre Proben/Ihr Projekt zu erhalten.
SDS-Gele/2D-GE-Spots/FFPE-Gewebeproben können im Briefkasten vor Raum 00.008 (N27) hinterlegt werden.
Zellpellets/Frischgewebe können nach vorheriger Absprache unter ms@uke.de in Raum 00.003.02 (N27) oder im Labor 02.086 (N27) abgegeben werden.
Welchen Output erhalte ich?
Je nach Fragestellung wird Ihnen ein Report zugesendet:
Protein-Identifikation:
Sie erhalten eine Liste identifizierter Proteine in jeder Probe.
Protein-Quantifizierung
Sie erhalten eine Liste identifizierter Proteine mit Log2-transformierter normalisierter Protein-Abundanz pro Probe. Zudem werden erste statistische Analysen durchgeführt. Diese beinhalten eine Clusteranalyse (PCA, Hierarchisches Clustering), das Entfernen/Dokumentieren technischer Ausreißer sowie ein binärer t-Test-Vergleich zwischen allen vordefinierten Phänotypen. Die Ergebnisse erhalten Sie in Form einer Exceltabelle. Zudem erfolgt die Visualisierung in Form eines Volcano-Plots.
Für weitere statistische und bioinformatische Analysen und Fragestellungen kontaktieren sie bitte ms@uke.de oder stellen Sie eine direkte Anfrage an ha.voss@uke.de .